Año 1767, cuando la corona española ordenó a quien era el virrey del Perú, Don: Manuel de Amat y Junyent, el que se procediera a la fortificación del sur del territorio, concretamente el norte de la Isla Grande de Chiloé.  Con el propósito de dar fiel cumplimento  a lo dispuesto por el Rey Carlos III, el virrey  a su vez ordenó  al brigadier  Carlos de Beranguer y Renaud, concretara  el deseo del soberano español, levantando  en el extremo occidente las fortificaciones  planificadas desde  Europa, lo que  significaba estratégicamente  emplazar  estas solidas estructuras, como una forma de controlar y  crear puntos defensivos  frente a las amenazas inglesas y otros navegantes  que azolaban  las aguas del sur del pacifico.

Instalado Beranguer en su nueva destinación y ostentando el cargo de Gobernador de Chiloé, procede a la fundación de la Villa y Fuerte Real San Carlos de Chiloé, hecho que ocurre en el año 1768. A partir de 1784 la Villa San Carlos fue la sede de la Intendencia de Chiloé.

Mientras  en el resto del territorio   se iniciaban las primeras escaramuzas  para obtener la independencia  de Chile, los chiloenses se mantenían fiel a la Corona, prueba de ello es que  en el año 1813  el brigadier  Antonio Pareja desembarca  en la zona, para poder  formar  una expedición y  restaurar  el poder  real en el reino de Chile.  Una vez formado su ejército salió con rumbo a Valdivia, desarrollando una serie de campañas militares que culminaron con la derrota de los independentistas en Rancagua, el 5 de octubre de 1814.

A pesar de la Independencia de Chile, Chiloé  bajo  la autoridad del Gobernador  Antonio de Quintanilla organiza la defensa del  último bastión español  en el sur de  América,  consiguiendo con éxito  derrotar  a Cochrane  al intentar  asaltar  el castillo de San Miguel  de Ahui en 1820; igual suerte corre Ramón  Freire , quien es derrotado en Mocopulli  el  1 de abril de 1824.  Sólo en el año 1826 luego de varios enfrentamientos se concreta la aspiración de las tropas chilenas, derrotando las fuerza chiloenses   en los campos de Bellavista y Pudeto; tras la cual se firma el Tratado de Tantauco. En este nuevo quehacer se  entrecruzan una serie de factores  militares, sociales y religiosos, destacándose  en este último aspecto  que dada su calidad de  capital  adquiere  la categoría  de Diócesis  investidura  que mantiene hasta el día de hoy.

Con motivo de la colonización europea de mediados del 1800, se acrecienta el intercambio cultural y social en la provincia de Chiloé, particularmente en la comuna de Ancud. La influenza de las colonias alemanas pone su acento especial, de tal forma que Ancud se transforma en la capital de la cultura y el folclor.

Por su condición de puerto estratégico, en Ancud bulle en la época   una incesante actividad comercial que   se mantuvo    hasta que se produce la apertura del Canal de Panamá, sin perjuicio de ello los habitantes de la Puerta Norte de la Isla continúan desarrollando labores comerciales, pesqueras y silvoagropecuario que se ven fortalecidos   en la medida que nuevas empresas se instalan en los alrededores. Golpea fuertemente a la comunidad el Sismo maremoto   del año 1960 y posteriormente producto de la nueva regionalización el perder su condición de capital provincial.