Año 1767, cuando la corona española ordenó a quien era el virrey del Perú, Don: Manuel de Amat y Junyent, el que se procediera a la fortificación del sur del territorio, concretamente el norte de la Isla Grande de Chiloé. Con el propósito de dar fiel cumplimento a lo dispuesto por el Rey Carlos III, el virrey a su vez ordenó al brigadier Carlos de Beranguer y Renaud, concretara el deseo del soberano español, levantando en el extremo occidente las fortificaciones planificadas desde Europa, lo que significaba estratégicamente emplazar estas solidas estructuras, como una forma de controlar y crear puntos defensivos frente a las amenazas inglesas y otros navegantes que azolaban las aguas del sur del pacifico.
Instalado Beranguer en su nueva destinación y ostentando el cargo de Gobernador de Chiloé, procede a la fundación de la Villa y Fuerte Real San Carlos de Chiloé, hecho que ocurre en el año 1768. A partir de 1784 la Villa San Carlos fue la sede de la Intendencia de Chiloé.
Mientras en el resto del territorio se iniciaban las primeras escaramuzas para obtener la independencia de Chile, los chiloenses se mantenían fiel a la Corona, prueba de ello es que en el año 1813 el brigadier Antonio Pareja desembarca en la zona, para poder formar una expedición y restaurar el poder real en el reino de Chile. Una vez formado su ejército salió con rumbo a Valdivia, desarrollando una serie de campañas militares que culminaron con la derrota de los independentistas en Rancagua, el 5 de octubre de 1814.
A pesar de la Independencia de Chile, Chiloé bajo la autoridad del Gobernador Antonio de Quintanilla organiza la defensa del último bastión español en el sur de América, consiguiendo con éxito derrotar a Cochrane al intentar asaltar el castillo de San Miguel de Ahui en 1820; igual suerte corre Ramón Freire , quien es derrotado en Mocopulli el 1 de abril de 1824. Sólo en el año 1826 luego de varios enfrentamientos se concreta la aspiración de las tropas chilenas, derrotando las fuerza chiloenses en los campos de Bellavista y Pudeto; tras la cual se firma el Tratado de Tantauco. En este nuevo quehacer se entrecruzan una serie de factores militares, sociales y religiosos, destacándose en este último aspecto que dada su calidad de capital adquiere la categoría de Diócesis investidura que mantiene hasta el día de hoy.
Con motivo de la colonización europea de mediados del 1800, se acrecienta el intercambio cultural y social en la provincia de Chiloé, particularmente en la comuna de Ancud. La influenza de las colonias alemanas pone su acento especial, de tal forma que Ancud se transforma en la capital de la cultura y el folclor.
Por su condición de puerto estratégico, en Ancud bulle en la época una incesante actividad comercial que se mantuvo hasta que se produce la apertura del Canal de Panamá, sin perjuicio de ello los habitantes de la Puerta Norte de la Isla continúan desarrollando labores comerciales, pesqueras y silvoagropecuario que se ven fortalecidos en la medida que nuevas empresas se instalan en los alrededores. Golpea fuertemente a la comunidad el Sismo maremoto del año 1960 y posteriormente producto de la nueva regionalización el perder su condición de capital provincial.
